Надо сравнить звук у левого и правого колес - больше похоже на ГРМ. В АКПП нет такого источника шума, цепочка маслонасоса слишком мелкая для него, да и надежность коробки приличная. Проблемы с переключением можно попытаться решить сбросив адаптации АКПП или воспользоваться вторым ключом.
Оф. дилер никогда не чинил коробки, так откуда ему знать что диффы одинаковые.